胸外科是昆山市临床重点专科。

常规开展肺、食管、纵隔及胸壁等部位肿瘤的外科微创手术及综合治疗。在食管、肺、纵隔及手汗症手术等方面积累了丰富的经验。目前常规开展肺癌、食管癌、纵隔肿瘤的微创治疗等普胸手术。可独立完成单孔胸腔镜下肺叶、肺段切除术、肺袖式切除术，胸腔镜下纵隔肿瘤切除术及胸腹腔镜联合三切口食管癌根治术这类高难度手术。科室开展的肺肿瘤微波消融术及肺结节荧光定位技术在昆山地区亦独具特色。

由上海市政府及昆山市政府牵头，目前已建成上海市胸科医院昆山胸部肿瘤诊疗中心，成立上海胸科医院专家工作室。