1979年4月，以人民医院中医科为基础，在县人民医院挂牌。

1980年4月28日，正式成立昆山县中医院，与玉山镇卫生院合署。

1983年12月，在朝阳路141号建门诊楼一栋开诊。

1985年1月9日，与玉山镇卫生院分开，迁入朝阳路141号（今189号）独立建院。

1986年5月，经苏州市卫生局、苏州市人事局编委会正式核编批准为全民所有制单位，设床位50张，员工84人。

1989年，医院引入新的机制，大胆借用企业“借鸡生蛋、负债经营”的做法，逐年改善医疗环境。

1990年，增建门诊辅助楼1000多平方米，扩大病房150张，分内、外、骨伤科三大病区。

1994年7月通过苏州市评审委的初评，10月通过江苏评审委的复审，成为我市首家二级甲等中医院。在此基础上，1995年5月又通过国家中医药管理局全国示范中医院的评审验收，成为全国第67家示范中医院。

2000年1月9日，举办十五周年院庆，南京中医药大学教学医院揭牌。
 
2004年4月29日，新病房大楼启用，2004年5月15日医院举办了新病房大楼落成庆典。
 
2005年10月，获得全国文明单位称号，并在2008年蝉联。
 
2008年10月，成为全国“治未病”试点单位。
 
2009年12月  ，顺利完成二级甲等医院复评。
 
2011年9月23日，医院特色门诊病房大楼奠基。
 

2011年8月9日，接受为期两天的三级医院评审，并于同年12月正式升级为三级乙等中医医院。

2011年12月，获得全国文明单位三连冠。

2011年，成功创建三级中医医院。

2013年，西部医疗中心奠基。

2014年4月3日，医院综合制剂大楼正式动工。

2015年1月9日，医院建院三十周年，举行医院第七届中医药科技大会、中医药发展论坛等活动。

2015年2月，获得全国文明单位四连冠。

2015年3月31日，医院南星渎院区开工奠基。

2015年9月29日，医院举行西部医疗中心打桩仪式。

2015年10月，医院当选中国县级中医院联盟轮值主席。

2017年8月，国医大师、全国名中医昆山传承工作室成立。

 

2017年9月，高分通过省中医药管理局三级医院复核评审。

 

2017年12月，获得全国文明单位五连冠。

 

2018年3月，昆山市中医药学会成立。